2003年，经原襄樊市人民政府批准，谷城县建立南河市级自然保护区，2010年，湖北南河自然保护区升级为省级自然保护区。2012年，湖北省编委批准成立了湖北南河省级自然保护区管理局（鄂编办文[2012]205号），为襄阳市林业局所属副县级事业单位，委托谷城县人民政府管理。2013年襄阳市编委以襄机编[2013]46号批复了湖北南河省级自然保护区管理局人员编制和内设机构。2014年湖北南河自然保护区升级为国家级自然保护区。目前，湖北南河国家级自然保护区管理机构仍沿用2013年4月经湖北省机构编制委员会批准成立“襄阳南河湿地省级自然保护区管理局”，内设办公室、资源保护科和科研宣教科三个科室，总编制15人，其中局长1名（副县级），副局长2名（正科级），副科级职数3名，隶属襄阳市林业局管理，委托谷城县人民政府管理。襄阳南河湿地省级自然保护区管理局现有人员9人，其中副局长2人，科长3人，工作人员4人。聘请35名当地居民为护林员。保护区实行管理局―保护站—管护点三级管理体系。管理局主要职能是：

一、贯彻执行国家有关自然保护的法律、法规和方针、政策；

二、制定自然保护区的各项管理制度，统一管理自然保护区；

三、调查自然资源并建立档案，组织环境监测，保护自然保护区内的自然环境和自然资源；

四、组织或者协助有关部门开展自然保护区的科学研究工作；

五、进行自然保护的宣传教育；

六、在不影响保护自然保护区的自然环境和自然资源的前提下，组织开展参观、旅游等活动。

七、完成上级安排的其他工作。